Quân đội và Không quân Hoa Kỳ đang tìm cách thay thế M9 của họ thông qua chương trình Hệ thống súng ngắn Modular. Ủy ban Dịch vụ Vũ trang Hạ viện muốn chấm dứt chương trình theo hướng nâng cấp M9. Các quan chức của chương trình nói rằng mua một khẩu súng ngắn mới là lựa chọn tốt hơn nhờ những tiến bộ trong thiết kế súng ngắn, khó khăn trong việc giải quyết tất cả các vấn đề của M9, ​​các loại súng ngắn khác ít tốn kém hơn để sản xuất và bảo trì, và những người lính có độ tin cậy thấp trong M9. Giai đoạn ba năm về kỹ thuật, sản xuất và phát triển (EMD) sẽ bắt đầu vào đầu năm 2014. Súng ngắn thương mại sẽ được kiểm tra các khả năng như độ chính xác, phân tán, khả năng tương thích và khả năng chống ăn mòn dưới thời tiết và điều kiện chiến đấu khắc nghiệt. Tuổi thọ của súng ngắn dự kiến ​​là 25.000 viên đạn. M9 được yêu cầu bắn 5.000 viên đạn, trong khi dữ liệu từ Beretta cho thấy độ tin cậy trung bình của súng ngắn M9 là 17.500 viên đạn mà không cần dừng bắn.

Vào tháng 12 năm 2014, Beretta đã tiết lộ bản nâng cấp súng ngắn M9A3 cho một nỗ lực riêng của Quân đội nhằm xác định các Đề xuất Thay đổi Kỹ thuật (ECP) theo hợp đồng hiện tại. Công ty đã trình bày bản nâng cấp để cải thiện hiệu suất của M9 như một giải pháp hiệu quả hơn về chi phí mà không cần phải mua một khẩu súng ngắn khác. Các cải tiến bao gồm báng cầm mỏng với báng cầm có thể tháo rời theo module, thanh ray phụ kiện MIL-STD-1913, điểm ruồi triti trước và sau có thể tháo rời, nòng mở rộng và có ren để sử dụng nòng giảm thanh, hộl tiếp đạn chống cát 17 viên và các tính năng nhỏ khác. Quân đội Hoa Kỳ đã chính thức từ chối đề xuất M9A3 ECP vào cuối tháng 1 năm 2015.